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  北京協(xié)和團隊發(fā)現(xiàn)肝癌檢測的甲基化液體活檢方法
  
  2022-12-01 來源：轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)網(wǎng)
  
  近日，發(fā)表在《Science Translational Medicine》上的文章“Simultaneous analysis of mutations and methylations in circulating cell-free DNA for hepatocellular carcinoma detection”，報道了一項由北京協(xié)和醫(yī)院研究團隊開發(fā)的新技術(shù)——Mutation Capsule Plus (MCP) 技術(shù)，該技術(shù)允許對來自肝細胞癌患者的單個 cfDNA 樣本進行突變和甲基化變化的平行分析，包括同時檢測遺傳和表觀遺傳改變以及甲基化標記的全基因組發(fā)現(xiàn)。
  
  研究背景
  
  肝細胞癌 (HCC) 是全球第五大常見癌癥和第三大致命癌癥。晚期肝細胞癌的 5 年生存率僅為 12%，因為可用療法的療效有限。治愈這種疾病有效的方法是在早期發(fā)現(xiàn)它，以便及時通過手術(shù)切除腫瘤。因此，需要一種在手術(shù)可切除階段以高精度檢測肝細胞癌的有效篩查方法。
  
  先前，已有多項研究證實了使用液體活檢進行突變檢測的可行性。然而，由于采樣問題，檢測低產(chǎn)量 cfDNA 中的低頻突變可能很困難。
  
  新技術(shù)
  
  為了解決這個問題，研究人員開發(fā)了 Mutation Capsule Plus (MCP) 技術(shù)，支持突變和甲基化變化的并行分析（MCP 分析）以及通過 CpG 串聯(lián)靶擴增從頭發(fā)現(xiàn)甲基化標記。MCP 技術(shù)還可以在不犧牲靈敏度的情況下對單個 cfDNA 樣本進行多重測試，這在將 cfDNA 樣本拆分為多個反應(yīng)時可能會發(fā)生。研究人員將 MCP 技術(shù)應(yīng)用于發(fā)現(xiàn)、訓(xùn)練和驗證用于檢測 HCC 的液體活檢分析。這種全面的分析方法允許比較基于 cfDNA 的生物標志物，揭示用于 HCC 檢測的甲基化和突變生物標志物的互補模式。
  
  利用這項技術(shù)，研究人員對來自 30 例肝細胞癌 (HCC) 病例和 30 例非 HCC 對照的 cfDNA 樣本進行了甲基化標記物的從頭篩選。在 60 個 HCC 和 60 個非 HCC 病例的訓(xùn)練隊列中，進一步平行分析富含 HCC cfDNA 的甲基化標記物和一組突變，從而產(chǎn)生 HCC 檢測模型。研究人員在包含 58 例 HCC 和 198 例非 HCC 病例的獨立回顧性隊列中驗證了該模型，獲得了 90% 的敏感性和 94% 的特異性。此外，研究人員將該模型應(yīng)用于 311 名肝臟超聲檢查和血清 AFP 濃度正常的無癥狀乙型肝炎病毒攜帶者的前瞻性隊列。該模型檢測了隊列中 5 個 HCC 病例中的 4 個，顯示出 80% 的敏感性和 94% 的特異性。
  
  這些發(fā)現(xiàn)表明，MCP 技術(shù)具有發(fā)現(xiàn)和驗證用于癌癥無創(chuàng)檢測的多組學(xué)生物標志物的潛力。該研究還提供了一個綜合數(shù)據(jù)庫，其中包含大量 HCC 病例和高危非 HCC 個體的 cfDNA 的遺傳和表觀遺傳改變。
  
  研究意義
  
  總之，研究人員開發(fā)了一種支持對單個 cfDNA 樣本進行多重測試的技術(shù)，用于發(fā)現(xiàn)或分析與突變并行的甲基化變化。與目前使用的其他檢測方法或單獨評估甲基化或突變標記物相比，MCP 技術(shù)能夠幫助開發(fā)具有強大性能的 HCC 液體活檢檢測方法。該技術(shù)和策略，包括新甲基化標記物的鑒定以及突變和甲基化的組合分析，可用于開發(fā)其他腫瘤類型的液體活檢分析。由于多重測試功能，一項研究中的前 MCP 文庫可用于未來的研究，以分析其他腫瘤類型或多種腫瘤類型的不同生物標志物組。
  
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